江西省儿童医院呼吸科前身为呼吸专业组，组建于1981年，2001年，呼吸科正式独立建科，是江西省少有独立的小儿呼吸内科，并于2003年招收儿科呼吸专业硕士研究生。学科拥有全省优异的小儿呼吸医疗、教学、科研仪器设备和专业队伍，在教学、科研、临床等各方面取得了较大的成绩。2009年被批准为江西省医学前列学科。
普外科于2001年9月被省卫生厅批准为首批"江西省医学前列专业"。该科高级职称医务人员中，其中1名为国务院特殊津贴获得者、1名为江西省优异青年科技工作者、2名为江西省医疗系统学术技术带头人培养对象、1名为江西省卫生厅跨世纪学科带头人。现有60张病床，先后成立了新生儿外科专业组、小儿脑外科专业组。
江西省儿童医院神经科正式成立于1979年，现有开放病床102张，是我国组建小儿神经专业较早、病床规模较大小儿神经专业科室之一。拥有全省优异的小儿神经科医疗、教学、科研仪器设备和专业队伍。为江西省医学前列学科、医院三大重点发展专科之一。整体专业水平在全省居领跑地位，在全国处于先进水平。
医生姓名：朱友荣
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：儿科
医生姓名：邹海英
综合评分：4700
医生资格：副主任医生
科室细分：儿科
医生姓名：邹峥
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：儿科
医生姓名：何飞
综合评分：4700
医生资格：副主任医生
科室细分：儿科
小儿骨科是八十年代初期直接从小儿外科独立出来，1985年2月11日正式成立的专业科室。经过二十余年的艰苦创业和辛勤耕耘，在医、教、研诸方面获得了丰硕的成果。目前，骨科已经发展成我省少有的小儿骨科专业科室，设病床40张，主要从事小儿骨科的教学、科研和临床工作，是全省各地小儿骨科医生进修培养基地，也是全省少有的小儿骨科专业硕士研究生培养点，2006年10月9日获江西省医学前列专业称号。
重症监护病房(PICU)于1982年成立，并得到联合国儿童基金会(UNICEF)、世界卫生组织(WHO)的资助，是我国首批成立的PICU之一。2002年被江西省卫生厅授予“江西省医学前列专业学科”。重症监护室年收治危重患儿近800人次，担负着全院危重患儿生命支持的任务。主要救治休克、呼吸衰竭、心力衰竭、肾功能衰竭、其它器官功能不全或衰竭、多器官功能障碍综合征等危重患儿，并对新生儿、腹部、联体婴儿分离术及其它各类外科重大手术围术期患儿进行监护及生命支持。担负着多种形式的小儿危重病医学教学和培训工作，为本行业医、教、研全面发展的专科。
检验科成立于１９５５年，经过５０多年的发展，现已成为面向全省儿童的医疗、预防、保健和科研与教学为一体的检验医学中心，拥有临床检验，生化，免疫，细胞，微生物，遗传，分子生物学等众多的学科。检验中心近几年积极引进本专业高水平新的技术和检测方法，开辟了崭新的实验诊断领域，大大满足了临床、科研和教学的需要。
