呼吸内科是浦东新区重点学科、医院重点学科、上海市医学会呼吸分会地区学组组长单位，负责主持浦东疾病控制中心读片会工作，同时是同济大学硕士和博士研究生培养点，是上海市住院医师规范化培训基地，上海市专科医师规范化培训基地。呼吸内科主要特色为肺部肿瘤、肺栓塞、睡眠监测与治疗、慢性气道疾病，开展低剂量CT、电子（荧光）支气管镜、炫速CT肺血管造影（CTPA）、呼吸睡眠监测、九项呼吸道感染病原体检测、门诊雾化吸入治疗等检查项目。负责多项国家药物临床研究，为患者的治疗带来了更多更好的选择。承担政要来访、各项重大活动和赛事的医疗保障任务，参与汶川大地震、青海玉树地震等医疗救灾。科内拥有主任医师4名，副主任医师5名，主治医师9名，其中博士研究生导师2名，硕士研究生导师4名。
老年医学科是上海市定点干部保健单位、上海市全科医学住院医师规范化培训基地、国家卫生部全科医学培训基地、新区重点学科、院级重点学科，获新区医疗特色专科建设“优胜奖”、“三八”红旗集体、院文明示范集体，也是新区老干部工作示范点。以干部保健及老年疾病诊治为学科特色，在外国元首访华、奥运会、世博会等一系列重大医疗保障工作中成绩显著，在老年消化、心血管系统常见病与疑难危重急症诊治以及优质护理方面形成专业优势。拥有医护人员30名，主任医师2名，副主任医师3名，博士研究生导师2名，硕士研究生导师3名，先后入选上海市浦江人才、上海市启明星、新区前列人才等计划。床位30张、门诊110平方米，专属超声波、康复治疗仪等先进设备，服务以人为本，医疗保健全程优雅舒适便捷。
内分泌科是浦东新区重点专科，2010年正式成为卫生部批准的内分泌科医师培训基地、是上海市住院医师规范化培训基地。内分泌科开展各种内分泌疾病的诊治，包括糖尿病及其急慢性并发症、甲状腺疾病、肾上腺或垂体疾病、骨质疏松症、肥胖症等疾病。以糖尿病的个体化治疗、优质护理为学科特色，同时重视对患者的健康宣教，已成立“东糖俱乐部”，定期开展糖尿病防治知识讲座和患者交流活动。连续6年获东方医院“文明示范集体”称号。科内有主任医师2名，副主任医师3名，博士研究生导师1名。拥有胰岛素泵、动态血糖监测系统、血压脉搏波检测仪等优异设备。
急诊内科隶属急诊医学部，2012年获批国家临床重点专科，是上海市住院医师规范化培训基地，专科医师规范化培训基地。急诊内科以救治内科系统危重、疑难病人为特色。每年就诊患者达180000人次，抢救病人近50000人次，留观52000人次，出院1800余人次，出色完成了各项临床医疗工作及重大医疗保障任务。急诊内科以急救一体化救治模式诊治危重患者，24小时绿色通道畅通无阻，从抢救室到留观室，从急诊ICU到急诊内科病房，形成系统规范的诊治流程。科内具有主任医师2名，副主任医师10名，博士研究生导师1名；医学博士3名，医学硕士11名。科室拥有各类有创、无创呼吸机、监护仪、心肺复苏仪、无创血流动力学监护仪、可视喉镜、床旁超声、X线检查、冰毯等设备。常规开展气管插管、机械通气、深静脉置管、临时起搏器安置、急诊溶栓等急救技术，拥有一支强大的急诊内科救治队伍。
肾脏内科是浦东新区重点学科，上海市住院医师规范化培训基地。经过多年的专科建设，在医、教、研、人才培养各方面得到全面提升，临床和研究规模、人才队伍结构、研究设施和科研成果等各项均处于浦东新区肾脏病领域的领头位置。科室由肾病专科病房、血液透析室、腹膜透析组、肾病专科门诊组成。病房有核定床位27张，血液透析机53床位（前期启用40台）、CRRT机3台，血浆置换机1台。开设血透门诊、糖尿病肾病门诊、高血压肾病门诊及泌尿系感染专病门诊。
上海市教委心血管病重点学科、浦东新区重点学科群和院级重点学科、首批美国AHA示范中心、上海市住院医师规范化培训基地、上海专科医师培训基地。国家临床药理基地、同济大学临床教学示范病房和优异PCI上海培训中心。心内科分南北两院，科室亚专科齐全，普通病房和冠心病重症监护病房共有约160张核定床位，并设置心导管室、心电生理室、冠状动脉影像核心实验室等。在冠心病、心律失常、心力衰竭等领域有深入的研究；尤其在冠心病介入诊治、24小时急性心梗救治绿色通道、肺栓塞和起搏器等治疗领域更具特色和优势，是国内较早开展心血管疾病的介入诊治和具有一定特色的专业学科之一。科室共有6名博士研究生导师和4名硕士研究生导师，拥有医学博士14名（其中博士后2名）、医学硕士20名。监护室配置先进中央监护系统、有创血压监测和主动脉球囊反搏泵。导管室拥有4台先进的数字减影心血管造影机运动平板仪、动态血压仪和动态心电图仪等医疗设备。心内科年出院超过5000人次，门诊超过25万人次，每年冠脉造影术超过2500台和冠心病介入手术量超1100台，位列上海三甲医院前茅，其中98%采用桡动脉途径。近3年，承担国家自然基金项目等课题7项和国家863课题1项，上海市科委、卫生局等课题9项，发表SCI文章近40篇。
2008年获批浦东新区重点学科，同年成为国家卫生部微创（普外）培训基地，并于2011年成立国家卫生部肝胆肠外科研究中心“上海胆囊疾病研究所”，由胡海教授担任所长。胆石病专科目前开展的手术项目有：腹腔镜保胆取石术、隐瘢痕腹腔镜胆囊切除术、单孔腹腔镜胆囊切除术、迷你无异物腹腔镜胆囊切除术、腹腔镜胆总管探查术、隐瘢痕内镜手术、经脐入路内镜手术、经白线入路内镜手术、隐瘢痕免气腹保胆取石术以及各种普外科高难度腹腔镜手术。其中多项微创技术为本专科首创，目前在国内乃至于国际都处于公认的领跑地位。科室每年接待来自全国乃至国际的患者超过3000例，年手术量超2200例，稳居上海市一位。本专科的团队多次受邀赴法国、意大利、台湾等国际学术会议进行学术讲座。科室现有主任医师3名，副主任医师3名，主治医师5名，博士研究生导师。团队结构合理，主攻方向和分工明确。充分体现了微创手术人性化、艺术化及个性化的服务理念。
上海市特色专科、浦东新区重点学科、上海市住院医师规范化培训基地。科室开展各类人工关节置换及关节镜手术已有20余年历史，团队成熟稳定，擅长髋膝关节炎、肩周炎、半月板损伤、骨肿瘤的诊治。科室以膝关节表面置换术及肩关节镜微创手术为学科特色，在上海市处于先进水平。科室常规开展股骨头坏死、髋臼发育不良、老龄股骨颈骨折的髋关节置换术及翻修术；类风湿性关节炎的表面置换术；半月板损伤及交叉韧带损伤的微创膝关节镜术;关节周围复杂骨折的固定及康复；外翻截骨矫形术；骨肿瘤的切除及重建术等。科内现有主任医师1名，副主任医师2名，硕士研究生导师1名，已培养硕士研究生十余名，多次获得教学奖项。科室各级医生均有国外留学经历，主持市级课题多项，在国内外核心期刊发表学术论文50余篇。科室拥有数字化技术辅助关节置换的先进技术和理念、Mimcs14.0以及SuperImage、低辐射C臂机、高清关节镜系统等全国优异的软硬件设施。
浦东地区较早成立的专职从事胸外科专业的科室，是上海市住院医师规范化培训基地。多次获得上海市医学科技进步奖和临床新技术应用成果奖，科室建设以规范化、国际化为特点，服务对象为国内患者，港澳台同胞及外籍人士。胸外科常规开展各类普胸外科手术，如肺癌、食管癌根治术，纵膈肿瘤切除术，气管肿瘤切除术及各种复杂、疑难的胸部外科手术；胸部疾病的微创手术；微痕手术治疗漏斗胸和手汗症；肺癌和食管癌的个体化综合治疗及胸部手术快速康复治疗。科内具有主任医师3人，副主任医师4人，主治医师2人，其中教授博士研究生导师1人，副教授硕士生导师1人，4人拥有博士学位，3人拥有硕士学位。拥有双源炫速CT、3.0T核磁共振、远程会诊、先进重症监护室等优异设备。
上海市东方医院血管外科是国内硬件设备条件较为先进和医疗技术特色较为突出的独立血管专科之一。我院于2001年设立血管外科专业，目前是上海浦东新区两大血管专科之一。以血管疾病的快速诊断和微创治疗为特色是中国血管腔内治疗的先行者之一，集医疗、教学、科研、预防为一体 为海内外血管病患者提供较为专业的血管外科诊治和护理 上海市东方医院血管外科主诊专家有在德国等知名医学中心接受血管外科训练的经历。对于危重及疑难血管疾病的诊治有丰富的临床经验。血管外科定期同欧美国家的多家医院血管外科专家进行学术交流，努力使血管外科的技术和研究保持与国际同步 创建打造具有国际水准的血管外科就医平台。
上海市重点专科、上海市心力衰竭重点专科,上海市住院医师规范化培养基地，上海市专科医师规范化培训基地。以国际化诊疗为特色，外籍病人占年出院病人总数9%。心脏外科常规开展各种复杂、疑难先天性心脏病、风湿性瓣膜病、冠心病、大血管介入等手术。以微创和冠状动脉搭桥手术为学科特色，为患者提供就诊住院手术绿色通道及国内外知名专家预约平台。科内具有主任医师4名，副主任医师5名，博士研究生导师2名，其中12人次先后入选上海市领军人才、上海市医学领军人才、上海市优异学科带头人等计划。拥有DSA造影系统、4D心脏超声、双源炫速CT、3.0T核磁共振、远程会诊、杂交手术室等优异设备。同时拥有上海市慈善总会、红十字会、老年基金会资金资助，常年为全国贫困心脏病患者开展免费慈善手术。
东方医院特色学科之一，上海市消化动力学组副组长，浦东新区消化动力学组组长单位。胃肠科以“内外联合、综合诊治、胃肠微创、共创优异”为学科特色。 临床特色鲜明，内外各有特色，同时加以内外联合治疗，主要开展：功能性胃肠疾病诊治，重症炎症性肠病（克罗恩病、溃疡性结肠炎）的内外科联合诊治，胃肠道微创手术：如腹腔镜辅助胃癌根治术、结肠癌根治术、腹腔镜胃穿孔修补术、阑尾切除术、单孔腹腔镜结肠息肉切除术、阑尾切除术、胃部肿瘤切除术，腹膜、肠系膜、腹膜后巨大肿瘤的切除术，胃肠道疾病的内镜诊治。科室拥有胶囊内镜，胃肠功能检查及生物反馈治疗，胃肠动脉起搏治疗，ESD，腹腔镜，超声刀等先进临床诊治技术。2012年起与瑞士巴塞尔大学外科研究与医院管理研究所（ICFS）建立的合作伙伴关系。学科梯队合理、基础扎实，专科特色彰显、学术氛围浓厚。科室现有正高5名，博士研究生导师4名。
上海市中西医结合胆胰学组，浦东新区胆胰学组组长单位，是临床、科研、教学一体的东方医院重点学科，上海市住院医师规范化培训基地。科室主要开展胰腺癌、肝门部胆管癌、胆囊癌、肝内外胆管结石、胆道损伤、胰腺良性疾病以及重症急性胰腺炎的救治。开展了胆道结石、胰腺肿瘤微创治疗、ERCP造影、内镜下oddi括约肌切开取石、鼻胆管引流，术中术后胆道镜取石、碎石等内镜诊断治疗。目前年收治病人1000余例，其中胆囊癌、胆管癌、胰腺癌120余例；肝内外胆管结石500例，胰腺炎200例。科内具有主任医师1名，副主任医师6名，硕士研究生导师1名，拥有胆道镜、液电碎石机、十二指肠镜、ERCP、腹腔镜、便携式B超等优异的医疗仪器。
妇产科是浦东新区重点专科，上海市住院医师规范化基地。作为重要的临床科室之一，拥有先进的诊疗水平、舒适的就诊环境和人性化的服务理念。较早地开展了腹腔镜下宫颈癌根治术、掌握接近国际水准的各种腹腔镜、宫腔镜手术以及盆底功能障碍性疾病手术、生殖道肿瘤减灭术等，可以处理各类伴有严重并发症的疑难杂症。设有门诊宫腔镜检查室和PAC门诊、盆底功能康复室。专科特色包括：子宫内膜异位症门诊、更年期门诊、慢性盆腔痛门诊、盆底康复门诊。产科与美国德克萨斯州产科中心合作开展了陪伴分娩、无痛分娩、婴儿游泳等人性化服务。在妊娠合并症及并发症的诊治方面具有丰富经验。具有完善的产前保健系统及高危妊娠管理制度；打造市明星孕妇学校，开设了多元化课程与产科康复门诊，开展孕妇瑜伽，建立微博、微信群，为孕产妇提供孕前、孕期及产后一条龙服务。科内现有博士研究生导师2人，硕士研究生导师3人，在读医学博士1人，医学硕士10人。学科梯队完整，专科技术力量强。拥有目前世界上先进的腹腔镜、宫腔镜、阴道镜、LEEP刀、盆底生物刺激反馈仪及三维彩色B超机等优异设备。病房拥有国际病房、VIP特需病房及普通病房，开设了针对外籍、高端及普通民众的多方位医疗模式。在科研、教学方面与时俱进，成立了东方女子健康俱乐部，具备良好的医护团队全新救治每一位患者。
肿瘤科是上海市重点专科，浦东新区重点学科群牵头科室和重点学科。上海市级肿瘤重点专科，同济大学肿瘤学博士点、硕士点。学科专注胃癌、肠癌、乳腺癌、肺癌、妇科肿瘤的复发与转移早期诊断和治疗，针对每一位来医院的肿瘤患者病情，提供符合国际规范的多学科诊治服务和全面规范的个体化治疗方案，依据患者的分子病理诊断，制定先进的靶向治疗方案。结合先进的精准放疗设备和超高频热疗系统，治疗难治性的复发与转移性肿瘤。科室现有医师18名，其中教授、主任医师2人、副主任医师6人，博士研究生导师3人，硕士研究生导师2人。目前拥有床位90张，年诊治能力达到30000人次。近3年来，获得包括国家自然科学基金在内的科研项目7项，省部级科研课题5项，科研经费850万元。“追求优异、创新发展”是科室文化的集中体现。
急诊外科隶属急诊医学部，2012年获批国家临床重点专科，是上海市重点专科，。以一体化、快速化、专业化为特色，在全国外科急诊救治水平处于领跑地位。急诊创伤外科在国内首创了急诊创伤一体化发展方向：采用院前、院内信息一体化、创伤外科列编、人员多能一专、空间、设备人员一体化、手术及ICU一体化的集合式创伤急救模式，在救治多发伤病人方面实行多学科交叉统一管理模式，较大限度地避免学科间会诊、推诿，为急救赢得了时间，大大地提高了严重多发伤的抢救成功率。科内具有主任医师5名，副主任医师14名，博士研究生导师3名，博士12名。备有可视喉镜、移动式呼吸机、B超仪等先进的救治和生命支持设备。
脑卒中中心是上海市市级脑卒中防治中心，由神经内科牵头，联合神经外科、神经介入科等多学科组成，开展脑卒中一体化综合治疗。现有主任医师4名，副主任医师8名，博士研究生导师3名，硕士研究生导师4名，设有脑卒中专病门诊、筛查门诊、专家门诊、急诊、专病病房，在急性脑梗死静脉溶栓、血管内诊疗、早期康复、危重抢救方面具有自身特色，并领导浦东社区卒中网络建设,同时现承担科技部、国家自然基金委、教育部、上海市科委等各类课题10余项。
浦东新区属少有肿瘤放疗机构，拥有全数字高能直线加速器、美国系统GE公司CT模拟机、CMS公司FOCAL3.2 三维合作治疗计划系统、呼吸控制实践系统、实时影像验证系统、同位素粒子植入内放疗（体内伽玛刀）系统、日本RF8肿瘤深部热疗机等，价达到国际放射委员会先进水平的要求。具有三维立体适形放疗、三维适形调强放疗、立体定向放射治疗、同位素粒子植入内放疗、肿瘤高频热放疗、高能射线光动力靶向治疗等先进技术上海东方医院放疗科配备了高水平优异人才梯队，拥有一批放疗专门人才，与美国MDAnderson 癌症中心以及国内优异肿瘤医院保持经常性技术合作交流。
1956年成立，1999年被上海市卫生局批准为综合性医院示范中医科， 2001年中医脂肪肝专科被列入上海市中医特色专科之一；2005年中医脑血管病专科被列入浦东新区优势前列专科，2008年中医冠心病专科被列入浦东新区中医首批特色专科项目，2012年被列入浦东新区传统型中医临床示范学科建设项目。中医科擅长中西医结合治疗为心脑血管疾病、脂肪肝、糖尿病肾病、慢性肾脏疾病、慢性肾功能不全、乳腺疾病、月经病、更年期综合征、过敏性疾病、代谢性疾病、腰椎间盘突出症、针灸减肥等。科内具有主任医师1人，副主任医师4人，主治医师人10人，住院医师5人。入选、上海市、同济大学、浦东新区中医人才培养项目共9项。承担过上海市科委课题、市卫生局、浦东新区卫生局等课题。
成立于1987年，人均诊疗每天约15人次，运用针灸、推拿、结合颈腰椎牵引、刺络拔罐、放血疗法及刮痧、中药热敷等多种中医传统治疗方式治疗颈颈椎病、腰椎间盘突出症、强直性脊柱炎、肩周炎、头晕、高血压、小儿单纯性腹泻、小儿先天性肌性斜颈等等。对于整脊技术有一定的研究，通过特定的手段调整患者不良脊柱关节以达到治疗疾病的效果，目前广泛运用在眩晕、高血压、等内科疾病中。科室现有副主任医师一名，主治医师一名，住院医师一名。
浦东新区重点专科，上海市住院医师规范化培训基地，麻醉学硕士、博士学位点，拥有麻醉学教研组、临床麻醉、麻醉准备室、麻醉恢复室、疼痛诊疗、中心手术室、南院手术室、当日手术室、杂交手术室、中法（泌尿外科手术室）手术室、国际医院手术室、DSA手术室等综合布局。设有麻醉后恢复室（PACU），南北两院各设疼痛治疗门诊，并有疼痛科专家门诊。目前有麻醉医师35人，麻醉护士7人，技师1人。麻醉医师队伍包括教授（主任医师）3人，副教授（副主任医师）6人，主治医师17人，住院医师9人，其中医学博士2名，医学硕士15名，在读博医学硕士20人，出国深造2人。年完成各科手术2万余例，完成门诊手术及检查近万例，急、慢性疼痛治疗6千余例。随着心血管手术麻醉的增多，逐渐形成了相对固定的心血管专科麻醉组，心脏与大血管手术麻醉近600例。
隶属于国家临床重点专科急诊医学部。擅长重症肺炎、重症急性胰腺炎、急性呼吸窘迫综合征；多器官功能障碍综合症等的诊治。对危重肺栓塞的呼吸支持、溶栓、抗凝治疗、床边血液净化、AECOPD、严重急性脑血管病和严重多发伤的治疗有独到经验。年收治危重患者1600余名，其中外籍危重患者60余人次。目前东方医院本部ICU拥有床位24张，南院ICU床位18张。拥有副主任医师2名，主治医师8名， 医师4名。其中医学博士3名，医学硕士7名。拥有ECMO、NAVA呼吸机、多功能CRRT机等高新设备80余台套。
