儿童保健中心是医院基本医疗、特需医疗、儿童保健三大体系之一。承担着儿童保健服务、教学及科研任务。内设多种与儿童健康有关的门诊，如生长发育、儿童喂养与营养、心理行为、肥胖与矮小等门诊；参照世界卫生组织及国家卫生计生委关于儿童健康标准及疾病诊疗指南，中心开展心理行为评估、高危儿管理、语言训练、注意力训练、行为观察、运动训练、家庭护理体验、父母课堂、亲子活动等项目。根据中心发展目标，还将从健康管理、早期发展促进和智慧宝宝三个纬度进行深度研究开发。

小儿骨科是医院外科开设的一个特色专科，收治0～18岁儿童、青少年的运动系统疾病，开展四肢骨关节的畸形、创伤、感染、肿瘤、骨坏死以及营养代谢性骨病。专家团队：骨科专业力量雄厚，科主任刘兴攀博士 来自解放军全军骨科中心。马强主任医师 来自首都儿科研究所附属儿童医院，具有丰富临床经验，业界颇具影响力。科室现有高级职称专家3人，中、初级职称医师3人，并配有训练有素的专业护理团队。技术设备：小儿骨科开设病床40张，其中有三人间、二人间及特需单人间，配备骨科专用牵引床，拥有C形臂X线机、关节镜等先进仪器设备。在先天性髋关节发育不良、髋关节脱位、先天性马蹄内翻足、肌性斜颈、先天性胫骨假关节、儿童骨创伤、儿童运动医学、脊柱畸形、骨肿瘤、骨关节结核和感染等儿童运动系统疾病的诊治方面积累了丰富的经验。

血液肿瘤中心是我院重点学科之一，整合国内优异的儿童血液资源，汇聚多名优异儿童血液病专家共事京都，致力于打造国内较优异的儿童血液肿瘤治疗中心。学科特色：包括普通血液科、干细胞治疗科、血液实验诊断科。固定床位100张，百级洁净仓8个。具有温馨、舒适的医疗环境，优异的医疗设备。开展各种类型儿童血液系统及免疫系统疾病的诊断及治疗，包括：各种类型贫血、出血性疾病以及儿童血液系统恶性肿瘤、先天免疫缺陷病等。对于白血病、淋巴瘤、再生障碍性贫血、骨髓增生异常综合症、噬血细胞综合征等诊治技术居于先进水平。开展同基因干细胞移植，自体脐带血移植，同胞全相合、非血缘外周血干细胞、非血缘脐带血、亲缘半相合移植，累计长期生存率70%以上。