心内科是以心血管疾病诊疗为重点的综合性临床科室，全面开展高血压，冠心病，心脏瓣膜病，先心病，急慢性心衰，心律失常等疾病为重点的诊疗工作。近年来，在院领导的支持下，购置了C型臂、心脏彩超、运动平板等大型设备，通过与兰大一院等专家的协作，成功的开展了冠脉造影及支架植入，心脏起搏器的安装等先进技术，使高血压、冠心病、心绞痛、心肌梗塞、顽固性心衰、心律失常的诊断、治疗水平得到了极大的提高，已成功施行了肾动脉造影、冠状动脉造影及支架植入等手术，使冠心病、急性心肌梗塞、顽固性心衰、顽固性高血压病，严重心律失常、缺血性心肌病等危重病的抢救成功率有了很大的提高，动态血压、动态心电监测、运动平板，心钠素，肌钙蛋白及心肌酶学等检查、监测，使冠心病、高血压、心源性哮喘、肺水肿等心血管疾病的诊治更加精确、规范，提高了危重病抢救成功率，减少了急慢性心肌梗塞、心力衰竭、致死性心律失常等严重并发症的发生。
普外科临床的全体员工同心同德，求真务实，特别是在院长何建宏的正确领导下，随着新大楼的使用，使外科的规模明显壮大，尤其在普外科，不仅床位由原来40多张扩大至60多张，亚专业有肝胆外科组、胃肠泌尿外科组、甲乳血管外科组、微创外科组等。
敦煌市医院妇产科是敦煌及周边地区集妇女保健，产前检查，分娩，妇科疾患预防及治疗的综合科室，现有工作人员30名，其中副主任医师3名，主治医师3名，住院医师3名，副主任护师1名，主管护师2名，助产士6名。
儿科是集医、教、研为一体的小儿内科临床科室，为酒泉地区重点专科，经过几代儿科人的不懈努力，已发展成为一支朝气蓬勃、奋发向上的专业团队，拥有医护人员三十余人，开放床位六十余张，分为普通儿科病区、重症监护病区、儿童保健康复门诊及儿童门诊治疗中心。
