感染科成立于1978年，是南京市综合医院中较早成立的感染病科，目前床位30张，南扩改建后床位60张。现有医护人员23人，其中高级职称5人，中级职称6人，博士1人，硕士4人。每年诊治住院患者700余人次，门诊患者16000余人次。承担南京大学医学院和南京医科大学教学工作，并为南京大学、和南京中医药大学博士及硕士学位培养点。同时也是卫生部住院医师规范化培训的基地，常年培训指导轮转住院医师。
医生姓名：吴超
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：感染内科
医生姓名：孙静
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：感染内科
医生姓名：周乙华
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：感染内科
呼吸内科创建于1954年，是江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科、江苏省“135工程”医学重点学科合作单位、卫生部呼吸内科专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构、江苏省呼吸内科医师进修基地。
医生姓名：储小萌
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：呼吸内科
医生姓名：曹敏
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：呼吸内科
医生姓名：蔡后荣
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：呼吸内科
医生姓名：肖永龙
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：呼吸内科
风湿免疫科，创建于1979年，是国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科、江苏省风湿免疫性疾病诊治中心、南京市医学重点专科、南京大学风湿免疫研究所。编制床位61张，医护人员42人，其中主任医师4人，副主任医师3人，其中博士学位18人。风湿科年门诊量6万人次，年收治病人1800人次，其中疑难危重患者达50%以上。科室承担来自全国各地的疑难病例的诊治。
南京大学医学院附属鼓楼医院内分泌科目前为国家临床重点学科、江苏省医学重点学科，江苏省、南京市临床医学重点学科。南京大学医学院、南京医科大学和东南大学医学院内分泌及代谢病学专业博士、硕士学位授予点，国家药品和食品监督管理局药品临床试验基地。现拥有床位46张，年收治病人近1400人次，门诊6万人次/年。目前有主任医师5人，副主任医师6人；博士生导师1名，硕士生导师5名。目前有江苏省重点医学人才1人，南京市医学重点人才培养一层次和三层次各1人。
神经内科, 为江苏省和南京临床重点专科，江苏省少有的脑血管病诊疗中心，江苏省“创新团队”，国家药物临床试验机构，国家卫生部住院医师规范化培训基地，国家临床重点专科临床护理专业，继续教育基地，卫生部脑卒中筛查与防治基地。南京大学、南京医科大学、南京中医药大学、东南大学硕士和博士生培养基地，博士后流动工作站。与欧美8所大学 建立了长期国际合作。
肾内科创建于1980年，是南京市医学重点专科，编制床位42张，医护人员24人，其中主任医师2人，主治医师6人，专科医师6人。内设血液透析中心、家庭腹膜透析培训单元和专科门诊三个部门。
消化内科由全国知名消化专家吴锡琛教授和张志宏教授创建于1953年，是集临床、教学、科研为一体的学科，是卫生部国家临床重点专科、江苏省临床重点专科、江苏省消化内镜诊疗中心、江苏省消化病临床医学中心、江苏省创新团队、中华医学会消化内镜培训中心、硕士、博士学位授予点。
南京大学医学院附属鼓楼医院心脏科是中国成立较早的心脏科之一，是集医疗、教学、科研为一体、基础和临床紧密结合、以冠心病和心律失常介入治疗为特色的临床学科。心脏科是江苏省临床重点专科，南京市医学重点学科，卫生部冠心病及心律失常介入诊疗技术培训基地，国家药物临床试验基地，美国心脏病学院继续教育基地，卫生部心血管专科医师培训基地，江苏省心血管专科医师进修基地，南京市心血管病临床中心，南京市干细胞治疗急性心肌梗死转化医学中心，南京大学医学院、南京医科大学及南京中医药大学博士、硕士学位授予点及南京大学博士后流动站。
医生姓名：徐标
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：心内科
医生姓名：徐伟
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：心内科
医生姓名：宋杰
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：心内科
鼓楼医院血液科成立于1959年，为江苏省医学临床重点专科、南京市医学重点学科，南京大学、南京医科大学、南京中医药大学及东南大学的血液病学硕士/博士学位授予点，卫生部非血缘造血干细胞采集和移植定点医院、全国及省、市血友病中心。目前拥有医师23名，其中主任医师4名，医学博士10名。开设床位91张，其中万级净化病床22张；百级层流病房8间。
南京大学医学院附属鼓楼医院肝胆外科是国家重点学科，江苏省肝胆疾病临床医学中心，江苏省临床重点专科。目前编制床位180张，下设移植、肝脏、胆胰外科，以及南京大学肝胆研究所。
医生姓名：仇毓东
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：肝胆外科
医生姓名：尹卫民
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：肝胆外科
医生姓名：吴星宇
综合评分：4700
医生资格：副主任医生
科室细分：肝胆外科
医生姓名：徐庆祥
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：肝胆外科
骨科创建于1953年，是国家临床重点专科、江苏省十大临床医学中心、江苏省质量控制中心、江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科。是江苏省体委指定的专业运动员创伤治疗中心。编制床位160张，现有医护人员119名，其中主任医师7名，副主任医师11名，年手术量4500例，年门诊病人9.6万人，高居江苏省榜首。内设脊柱外科、关节外科、创伤骨科、骨肿瘤、手外科和代谢性骨病中心。
泌尿外科创建于1953年，是江苏省“135工程”医学重点学科、江苏省临床重点专科、南京市医学重点学科，卫生部内镜诊疗技术培训基地。为南京大学医学院、南京医科大学、东南大学医学院及南京中医药大学硕士和博士学位授予点。现有医护人员100余人，其中主任医师、教授4人，博士生导师2人，硕士生导师8人，副主任医师、副教授8人。编制床位120张，年门诊10万余人次，住院手术4800余台，门诊手术1000余例，出院4000余人次。内设三个病区、B超声检查室、体外冲击波碎石室、尿动力学检查室。
普通外科创建于1954年，是国家重点学科、国家临床重点专科，江苏省临床重点专科和南京市医学重点专科。为南京大学、南京医科大学博士、硕士学位授予单位。设有肝胆外科、内分泌外科、胃肠外科、器官移植中心、微创外科五个病区及超声介入治疗中心，编制床位164张，现有医护人员76人，其中主任医师9人，副主任医师20人，主治医师10人。
整形烧伤科是江苏省较早开展整形美容手术和烧伤治疗的专业外科之一，是集医疗、教学、科研为一体的江苏省临床重点专科，南京市临床重点专科，江苏省“科教兴卫工程”重点学科培育点，卫生部十年百项计划VSD技术培训基地，中国糖尿病相关慢性创面处理教育项目培训基地，优质护理服务示范病区，国际“微笑行动”中国基金南京医疗中心。是南京大学、东南大学、南京医科大学、南京中医药大学博士、硕士学位授予点,也是江苏省一位烧伤整形外科博士学位授予点。
南京鼓楼医院（南京大学医学院附属鼓楼医院）神经外科为江苏省临床医学重点专科、江苏省脑血管疾病诊疗中心、南京市临床医学重点专科，硕士、博士学位授予点。目前开放床位115张，设2个普通病区及1个神经外科重症监护病区，并设有独立的神经外科实验室及研究室。现有医师18人，其中主任医师4人、副主任医师7人，教授1人、副教授4人。近年来获江苏省医学新技术引进奖一等奖1项、二等奖6项，江苏医学科技奖二等奖1项，江苏省科技进步奖三等奖1项，南京市科技进步奖三等奖1项，国家自然科学基金获得者2人，南京市杰出青年人才基金获得者1人。
医生姓名：梁维邦
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：神经外科
医生姓名：蒋健
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：神经外科
医生姓名：黄玉杰
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：神经外科
百余年历史的南京鼓楼医院耳鼻咽喉科是一个具有光荣历史和优良技术传统的建制学科，是在国内和国际交往中都有一定的影响的学科，是南京市和江苏省临床重点专科，目前为南京大学博士学位授予点，博士导师1名，南京医科大学博士生培养单位，博士导师2名；同时也是南京大学、南京医科大学、南京中医药大学、东南大学医的硕士研究生培养单位及临床教学单位，硕士生导师6名。
血管外科成立于1989年，是江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科，编制床位26张，现有医护人员18人，其中主任医师1人，副主任医师3人。 血管外科是江苏省继续医学教育基地、南京大学博士研究生培养点,承担南京大学医学院、南京医科大学、东南大学医学院、南京中医药大学的临床教学。近年来，开展的新技术、新项目70余项，并获得南京市科技进步一奖、江苏省科技进步三等奖和江苏省医学新技术引进奖等10项、专利3项。发表学术论文120余篇，主编和参编学术著作8部。
南京大学医学院附属鼓楼医院心胸外科创建于1953年，目前是江苏省十二五科教兴卫医学重点学科、江苏省临床重点专科，江苏省大血管疾病诊疗中心，南京大学医学院、南京医科大学博士、硕士授予点。现有编制床位175张（ICU病床30张），医护人员130余人，年手术量近2000例，患者年龄从2个月的婴儿到90岁的老人，手术数量、种类及质量在华东地区位于前列。参与国家十五、十一五、十二五重点攻关课题数项，主持国家、省市科研基金数项；荣获中华医学科技奖、江苏省科学技术奖等诸多荣誉。
妇产科始建于1925年，是江苏省“科技兴卫工程”医学重点学科、江苏省临床重点专科、南京市首批医学重点专科，其中产科是国家临床重点专科。编制床位125张，医护人员238人，其中高级职称人员33人。内设妇科、产科、计划生育科、生殖医学中心，另有产前诊断中心、宫颈疾病诊治中心、妇科内窥镜中心、专科B超室等。
南京大学医学院附属鼓楼医院肿瘤科是国家临床重点专科、江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科、江苏省青年文明号单位、南京市肿瘤重点医学中心、南京市肿瘤转化医学中心，为江苏省一个临床肿瘤学博士研究生培养单位。刘宝瑞和钱晓萍主任医师为博士生导师，邹征云、王立峰、胡文静、杨觅、杜娟、魏嘉副主任医师为硕士生导师。迄今已有28名博士顺利毕业获得博士学位。
急诊科创建于1953年，是江苏省临床重点专科、江苏省脑血管病诊疗中心、省、市急诊医学质量控制中心责任单位；为南京大学、南京医科大学、南京中医药大学硕士学位授予点。现有医护人员186人，其中主任医师3人，副主任医师6人，副主任护师2人。
鼓楼医院皮肤性病科已建科50余年，承担着皮肤病、性病，皮肤外科及皮肤美容方面的临床医疗工作，承担南京大学医学院和南京医科大学的临床教学及科研任务，同时还负责全科医师培训、基层医院医生进修等工作。目前科室有高级职称医务人员4名，中级职称医护人员5名，其中博士2名，硕士4名。
医学心理科，现有心理医师5名，其中博士1名，硕士4名，提供心理疾病的诊断、咨询和治疗，还进行心理测试、生物反馈治疗等服务，年咨询量15000余人次。于2014年9月开设失眠门诊，为失眠患者进行咨询和治疗。
南京市鼓楼医院从1933年开展理疗业务至1960年成立理疗科。1994年正式更名为康复医学科，2006年恢复康复医学科独立建制。 康复医学科现有在编工作人员15人，博士研究生3人，硕士研究生1人，主治医师2人，医师2人，主管技师2人，本科学历康复治疗师8人。
中医科创建于1953年， 2008年为全国综合性医院中医工作示范单位，江苏省综合性医院示范中医科建设单位，南京市医学重点专科。 内设中医内科、针灸科、推拿科，编制床位35张，现有医护人员35人，其中正主任医师2人、副主任医师2人，硕士生导师2人，江苏省中医药、针灸学会专业委员会常务委员4人。
疼痛科1992年2月以镇痛科名称开设门诊，2001年正式开设病房。2007年底在当时卫生部发文正式设立疼痛科诊疗科目后在江苏省内首批正式注册并更名为疼痛科。2013年底有医护人员26名，其中主任医师2名，副主任医师2名，主治医师6名，主管治疗师1名，治疗师1名，副主任护师1名，主管护师1名，护师和护士12名。疼痛科是南京市重点学科。
南京市鼓楼医院体检中心成立于1990年，经过20余年的发展，已由当初的几位医生，几间房间、日接待量仅几十人的小科室，发展成为南京市规模较大、拥有30名专职医务人员（其中主任医师2人、副主任医师6人）、两层楼同时开放、日接待量达250-300人、能够提供优美环境、优质服务的专业化体检中心。
麻醉科是江苏省医学重点学科，省市临床重点专科，卫生部住院医生规范化培训基地。现有麻醉医生61人，其中主任医师，教授5人，副主任医师，副教授8人，博士学位12人，硕士学位53人。
鼓楼医院重症医学科始建于1993年，属国内较早发展重症医学的单位之一，江苏省重点专科，现有各级医生18名，护士98名，其中主任医师1名，副主任医师4名，博士2名，硕士14名。拥有床位四十余张，内设负压病房，收治来自各个临床科室以及来自外院（本市或外省）的危重患者，每年抢救各类重症患者近2000例，优异总体治愈率90%以上。科室主任顾勤教授，主任医师，硕士研究生导师，江苏省医学会重症医学分会副主任委员、江苏省中西医结合学会急症医学分会委员、华东地区危重病急救医学专业协作委员会常委、南京医学会重症医学专科分会副主任委员。
