肝脏内科成立于2000年，现有医护人员近30名，床位61张。中国工程院院士1 名；主任医师、教授1名；副主任医师、副教授1名；主治医师3名，主管护师1名。其中博士3名，硕士2名。人才梯队渐趋合理，学术骨干年富力强。本科室主要以肝胆疾病诊断与处理为中心，尤以原发性肝癌的诊断与综合治疗为重点，并在肝硬化及其并发症，病毒性、自身免疫性肝病、先天性、遗传性、代谢性肝病，肝移植相关内科问题，以及胆道与胰腺疾病诊断与处理等方面均已经形成特色，在国内具有重要的学术地位与影响。已多次成功举办“全国肝胆疾病学习班”以及“国际肝胆论坛”等重要会议。全科发表学术论文100余篇，承担国家973、863、十一五课题以及国际合作课题、国家自然科学基金等科研基金数十项。科室多次被评为学校、医院先进科室和先进党支部等荣誉称号，2010年荣获总后勤部先进党支部。
肝外一科现有床位42张，监护室病房1间，每年收治各类肝胆胰脾疾病患者650余人次，其中手术患者近400例次。 科主任严以群，医学博士、主任医师、教授、博士生导师，国际移植学会会员和澳大利亚-新西兰移植学会会员，擅长临床肝移植及肝胆疾病的外科治疗，特别是一、二、三肝门的巨大肝癌、尾状叶肝癌、高位肝门胆管癌的手术切除以及肝叶、肝段切除治疗肝内胆管结石等，曾任澳大利亚国家肝移植中心、澳大利亚悉尼Royal Prince Alfred医院注册移植医师3年，完成临床肝移植60余例。
肿瘤生物治疗科成立于2012年1月，开放床位36张，现有在职医护人员22名，其中博士生导师1名，教授1名，副教授2名，具有博士5名、硕士学位5名。2011年12月我院肿瘤免疫细胞治疗技术获军队医疗技术临床应用正式批文，成为全国一个获得批准将免疫细胞治疗正式应用于临床的医疗机构。2012年11月经上海市科委立项批准，建立上海细胞治疗工程技术中心；2014年3月正式授牌成为第二军医大学肿瘤生物治疗诊治中心。
组建于2000年，展开床位41张。该科以肝胆疾病外科手术和放射介入治疗为主，在原发性肝癌、恶性梗阻性黄疸、门静脉高压等疾病的介入治疗方面具有丰富的临床经验。现已累计完成肝癌经导管肝经脉化疗栓塞治疗5000余例次，小肝癌无水酒精注射治疗700余例次，经皮肝穿刺胆道引流术300余例次，在全院率先开展了多项新技术新疗法。先后获省部级科技进步二等奖1项，军队医疗成果三等奖2项，军队科技进步三等奖1项，在核心期刊发表论文40余篇，参编专著6部。2005年被评为学校“基层建设先进单位”。
超声诊疗科创立于东方肝胆外科医院建院之初，伴随着全院的飞速发展，逐步成为实力雄厚的集诊断，医疗与科研为一体的重要科室。在全军乃至全国都享有一定的声誉，尤其是肝脏和胆道系统疾病的超声诊断和介入治疗，在国内外处于领跑地位。科室人员梯队齐整，专业人才济济，现有在职医技人员十三名，其中博山生导师一人，高级职称二人，中级职称三人，博士生二人。全科共获得军队科技进步奖四项，在国内外核心期刊上发表重要论文四十余篇。 超声科每年诊治全国各地患者四万余例，同时独立开展多项颇具特色的超声介入治疗，如经皮肝穿刺肿瘤内注入无水酒精治疗小肝癌，经皮肝穿刺肝脓肿抽液，经皮肝穿刺肝囊肿抽液，PTCD，经皮肝穿刺门静脉癌栓射频消融术等。特别是郭佳主任在经皮肝穿刺肿瘤内注入无水酒精治疗小肝癌上，经验丰富，疗效确切，堪与手术切除小肝癌疗效相比。目前，治疗人次数以万计，技术娴熟稳定，安全可靠，同时以其损伤轻微，费用低廉在肝脏疾病的治疗中具有不可取代的作用。 工欲善其事，必先利其器。科室不但重视人才的培养，还注重先进设备的引进。在原有大型设备的基础上，医院近年不惜巨资引进二台美国红杉树数字超声成像设备，极大地确保了超声诊断和介入治疗的客观真实性和准确性。
组建于2000年，现有病床41张。科室发挥中西医结合特长，综合运用手术、介入、放疗、化疗和中医药治疗原发性肝癌及其它消化道肿瘤。对多种原因导致的阻塞性黄疸能采用内窥镜治疗，并对各种慢性肝炎、肝硬化和上消化道出血进行中西医治疗。运用独特的二十五音分析仪检查和治疗肿瘤、脚病、胆石症、肥胖症、消化不良、失眠等。全科发表医学论文20余篇、专著7部、获国家发明专利1项。
组建于1996年，在肝胆病人的麻醉与围术期处理及疼痛管理等方面形成的系统理论与经验已成为我国肝胆麻醉的指导常规。吸入麻醉、癌痛机制与基因治疗、黄疸病人麻醉的基础与临床研究、过激性炎症的基因治疗等研究水平已达国际水平。共发表论文103篇，SCI收录7篇。承担国家自然科学基金6项、上海市课题4项、军队课题1项，共获科研基金150多万元。获国家科技进步二等奖1项、军队科技进步二等奖1项、军队科技进步三等奖3项。另获“总后科技新星”、“上海市银蛇奖”、“上海市科技启明星”、“全国十佳麻醉医师”、“上海市卫生局首批新长征突击队”、“共青团号”等多项奖励。
