基因编辑作为一种新兴的基因工程技术，其本质是人为地改变自然选择。目前广泛使用的“基因剪刀”是CRISPR-Cas9，该技术在一系列基因治疗的应用领域都展现出极大的应用前景，但过大的蛋白分子成为CRISPR未来应用方式中重要的瓶颈之一。
近来，来自美国加利福尼亚大学伯克利分校创新基因组学研究所的研究人员发现了一种新型基因编辑工具——CasΦ，它是一种功能小的CRISPR-Cas系统，由1〜70 KD的CasΦ蛋白和一个CRISPR阵列组成，且仅在巨型噬菌体的基因组中编码，其体积是CRISPR-Cas 9的一半，这项研究成果于7月16日发表在《Science》杂志上。
DOI: 10.1126/science.abb1400
CasΦ（Cas12j）是巨型噬菌体分枝中编码的Cas蛋白家族，巨型噬菌体用它来诱使细菌抵抗自身而不是自身的病毒。它使用单个活性位点进行CRISPR RNA（crRNA）加工和crRNA指导的DNA切割，以靶向外来核酸。
研究人员首先要确定CasΦ是否能作为真正的CRISPR-Cas系统。他们发现，CasΦ在其天然环境中是一种功能性噬菌体蛋白和真正的CRISPR-Cas效应子，能够裂解crRNA互补的DNA。此外，这种单RNA系统比其他活性CRISPR-Cas系统紧凑得多。
接下来，研究小组需要了解CasΦ在体外对DNA的识别和裂解要求。结果表明，CasΦ的裂解活性仅在识别顺式DNA时才能观察到，而且只需要低的PAM条件，这可能有利于更广泛的核酸检测。
后，为了研究CasΦ是否能用于人类基因组编辑，研究人员在HEK293细胞中使用了与crRNA共表达的CasΦ进行了基因破坏测定。他们发现，CasΦ-2和CasΦ-3诱导了基因组整合增强型绿色荧光蛋白（EGFP）基因的定向破坏。其中，具有单个指导RNA的CasΦ-2能够编辑多达33％的细胞，这与先前报道的CRISPR-Cas9，CRISPR-Cas12a和CRISPR-CasX的水平相当。
巨噬细胞编码的CasΦ在其宿主的超感染情况下的功能示意图
其实，这并不是CasΦ的首次亮相。它早是由这项研究的另一位主要作者——IGI的一名博士生Basem Al-Shayeb发现的，这项研究于今年2月12日发表在《Nature》上。当时，Al-Shayeb正在加州大学伯克利分校地球与行星科学系教授Jillian F. Banfield的实验室工作。他们认为，这种含有CasΦ的巨型噬菌体是已有巨型噬菌体的成员之一，并且存在于多种环境中。
近来的这一发现揭示了CasΦ巨大的基因编辑潜力，从而为细胞传递提供了优势，扩大了基因编辑的“工具箱”。更重要的是，CasΦ蛋白将巨型噬菌体推向人类健康发现和生物技术应用的前沿。但对于优化CasΦ用于基因编辑，以及探索用于设计靶向特定基因的指导RNA的较好方法上，研究人员还有很长的路要走。
参考资料：
[1] CRISPR-CasF from huge phages is a hypercompact genome editor.
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