新方法！在常规临床基因组测序检测中，简单鉴定肿瘤中的病毒！
研究人员开发了一种从临床新一代测序中准确检测病毒的方法，并描述了特定肿瘤和病毒之间的新关联，值得进一步研究。这些信息使得在治疗方案中考虑病毒状态更可行。他们的研究结果“Defining Novel DNA Virus-Tumor Associations and Genomic Correlates Using Prospective Clinical Tumor/Normal Matched Sequencing Data”发表在《The Journal of Molecular Diagnostics》上。
在实体瘤中，病毒通常从正常人体细胞转移到恶性肿瘤细胞。但目前临床上病毒检测有限。病毒的普遍筛查在技术上或财政上都是不可行的，因为目前的护理标准技术是单重的，成本很高，并且具有挑战性的工作流程。
研究人员开发了一种数字减影技术，它从测序分析中删除人类基因组细胞，以鉴定病毒DNA的存在作为质量保证(QA)过程。这种生物信息学技术不需要额外的测序，可以以较小的额外成本实现病毒检测。其结果与肿瘤病毒鉴定的标准临床方法相当。
“我们决定观察通常与病毒相关的肿瘤类型，并且在几乎所有情况下，QA工具检测到了我们预期的病毒，”研究者Chad M. Vanderbilt解释道。“有了这一令人鼓舞的发现，我们决定完善该方法作为微生物组检测流水线，并扩展分析，看看该方法在检测临床相关病毒和发现意想不到的病毒与肿瘤关系方面效果如何。”
该研究是人类DNA病毒检测在癌症中的较大和较全面的研究。它使用了2014年1月至2020年10月收集的48148例实体瘤的数据，这些实体瘤通过FDA批准的晚期实体瘤患者肿瘤谱分析进行测序。BLAST（局部序列排比搜索基本工具）算法将肿瘤中存在的非人类（未匹配）测序读段与国家生物技术信息中心病毒数据库中的所有人类病毒进行比较。研究人员用多种方法交叉验证了他们在不同肿瘤类型和病毒种类中的结果，发现他们的方法检测高危型人乳头状瘤病毒(HPV)和Epstein Barre病毒(EBV)的灵敏度与临床验证的原位杂交和扩增方法相当。
然后研究者扩展分析以发现新的肿瘤-病毒相关性。使用独立数据集验证了神经母细胞瘤中人类疱疹病毒-6(HHV-6)和食管胃癌中HHV7之间以前未报告的相关性。他们还发现了HPV42与指（趾）乳头状腺癌之间的新关联。与进行费力的单一病毒发现试验相比，仅通过数据分析就可获得用于病毒发现的数据，使资源能够专门用于研究病毒在肿瘤发生中可能发挥的作用和考虑基于病毒的治疗。
“这个项目的发现进一步支持了研究微生物组在疾病中作用的相关性，而这项研究中使用的方法对较小的实验室来说是方便的，”合作研究者Anita S. Bowman说，“在快节奏的肿瘤学世界中，有效识别这些肿瘤-病毒关系增加了集体知识库，也可能改善治疗选择。，了解病毒感染后的肿瘤发生将有助于实现我们挽救生命的共同目标。”
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