2000年享受“国务院政府特殊津贴”，2012年获“中国医师奖”。担任中华航海医学专业委员会委员、中华航海医病专业委员会副主任委员、全军眼科专业委员会副主任委员、全国白内障专业学组专家委员会委员、全军白内障专业学组组长、海军眼科专业委员会主任委员、中国医师协会北京市眼科分会常务理事、中华医学会北京市眼科分会委员、还担任国际眼科杂志、中华航海医学杂志等10余种杂志的编委和常务编委。1992年彭秀军赴美国加利福尼亚大学Davis校医学院眼科中心留学，师从国际上知名的白内障专家加州大学Jim Uhrhammer教授。1995年，他积极响应国家和军队的号召，携带价值100余万元的白内障超声乳化仪等先进的仪器设备回到祖国，并在国内率先开展了国际上先进的白内障超声乳化并人工晶体植入手术技术。1998年，编写和出版了国内白内障超声乳化手术学专著《白内障超声乳化术》和《白内障患者之友》科普著作。创新开展了“改进的拦截劈裂技术”，在国际上率先开展了复杂的白内障超声乳化、玻璃体切割、眼内异物取出、人工晶体植入四联手术。主持和参与国家重点、军队重大专项等科研课题10余项，主编和参编专著9部，发表SCI、统计源等期刊论文100余篇，获得“教育部科技进步一等奖”1项，“军队医疗成果、科技进步二等奖”5项，“军队科技进步、医疗成果三等奖”3项，国家专利4项。