林其昌教授从事呼吸专业工作2O多年，一直致力于本学科的医疗、教学、科研工作，尤其擅长于支气管镜和鼾症的临床诊断与治疗，在阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征、支气管哮喘、肺部炎症性病变、慢性阻塞性肺病、肺源性心脏病、胸腔积液、肺部肿瘤等疾病的诊断和治疗方面积累了丰富的临床经验。自1997年以来，在我省率先成立鼾症与睡眠疾患监测室，同时在我院耳鼻喉科、神经内科、心血管内科等多个科室合作努力下，至今已诊断治疗此类患者4000多名。同时，承担福建省科技厅科研资助课题：《鼾症——阻塞性睡眠呼吸暂停综合征的临床研究》、《阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征患者靶器官损害的相关研究》、 《血管内皮生长因子基因多态性与阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征》。先后在《中华结核和呼吸杂志》、《中华老年医学杂志》、《国际呼吸杂志》、《中国内镜杂志》、《中国医师杂志》、《中国呼吸和危重监护杂志》等刊物上发表40多篇论著，有较高的学术影响。同时他领导的团队完成的“阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征患者心血管系统损害的系列研究”在2008年获得了福建省医学二等奖。工作以来，多次被评为先进工作者、优异党员，2003年度被推荐为“福建省新长征突击手。”