首都医科大学附属北京友谊医院原名为北京苏联红十字医院，始建于1952年。是新中国成立后，在苏联政府和苏联红十字会援助下，由中国政府建立的一所医院。1954年，医院从甘水桥旧址迁入现址。毛泽东主席、刘少奇副主席、周恩来总理、朱德委员长特为医院亲笔题词。1957年3月，苏联政府将医院正式移交我国，周总理亲自来院参加了移交仪式。1970年，周总理亲自为医院定名为“北京友谊医院”。 2014年10月23日，科技部、国家卫生计生委、总后勤部卫生部认定首都医科大学附属北京友谊医院为国家消化系统疾病临床医学研究中心。
医院占地面积9.4万余平方米，建筑面积19.4万平方米。全院现有职工2800余人，其中具有正副主任医师、正副教授、研究员及相应职称的高级技术人员近400人。医院设有临床及医技科室43个。日门诊量8000人次左右，年出院5万人次左右。现有编制床位1256张。医院是首批北京市基本医疗保险A类定点医疗机构，全市患者均可来院参保就医，并能够为外宾和来自全国各地的患者提供服务。2009年8月正式启用的医疗保健中心是集门、急诊、住院、检查于一体的医疗保健服务中心，配有国内先进的医疗设备和信息系统，承担着北京市及中央司局级以上8000多名医照人员、保健对象的医疗保健任务。
医院设有北京市临床医学研究所、北京热带医学研究所、北京市中西医结合研究所和北京市卫生局泌尿外科研究所，拥有一批学科带头人和技术骨干。胃肠肝胆胰疾病诊治、泌尿系统疾病诊治和肾移植、热带病和寄生虫病诊治以及中西医结合是医院的四大专业特色。内科学(消化系病)是国家重点(培育)学科;消化内科、临床护理、地方病(热带医学)、普通外科、重症医学科、老年病科、检验科、病理科获批国家临床重点专科。医院还被确定为北京市消化内镜质量控制和改进中心、北京市护理质量控制和改进中心、北京市重症医学质量控制和改进中心、北京市麻醉质量控制和改进中心及北京市血液净化质量控制和改进中心。在保持综合优势的基础上，医院突出特色，打造优势学科群。在北京市卫生系统率先成立了跨学科、跨专业的疑难病综合会诊中心;发挥强强联合优势，成立了以消化内科、普外科、肝病中心为龙头的北京市消化疾病中心，在诊治消化急危疑难重症方面处于国内先进水平;成立了心血管内、外科合并模式的心血管疾病诊治研究中心，开辟了挽救急性心肌梗塞患者生命的绿色通道。
医院承担着九五、十五、十一五攻关(支撑)课题、973、863、国家自然科学基金、卫生部公益性项目和市级课题，并担负着世界卫生组织在寄生虫、麻风病等方面课题的研究工作。近20年来，先后获、部级、市级、局级科研成果奖400余项。
医院是首都医科大学第二临床医学院，是培养高层次医学人才的临床教学基地。首都医科大学消化病学系、肾病学系、泌尿外科学系、中西医结合学系和普通外科学系等5个学系挂靠医院，承担着本专科生、研究生、住院医师培训及全员继续教育、成人学历教育任务。拥有15个卫生部认可的住院医普通专科培训基地、9个亚专科培训基地。是国家执业医师资格技能考试基地，北京市社区护士和全科医生技能考试基地，是北京市三个临床技能中心挂靠单位，承担着卫生局住院医师规范化培训阶段考核任务，承办多项继续教育和师资培训项目。目前拥有硕士培养点32个、博士培养点15个，现有研究生导师90余名;教授、副教授近140名。有多名教授在国际医学专业学会任职，近60名教授在中华医学会各专业学会、北京分会以及杂志担任副主委以上职务。
医院积极开展多渠道、多领域的国际交流合作。先后与美国、日本、韩国、丹麦、俄罗斯等国家和地区的医疗机构建立了友好合作关系，派出各专业人员出国深造。设立李桓英基金会资助青年骨干出国研修项目，促进了医院学术水平的提高。
医院曾被授予全国先进基层党组织、全国“三八”红旗集体、全国模范职工之家、多次被授予首都文明单位标兵等光荣称号。
医院成立60余年来，得到了各级领导的支持鼓励与悉心指导，也牢记着党中央和老百姓的殷切希望与盈盈嘱托。几代友谊人实践着“仁爱博精”的友谊精神，不断开拓创新，奋力拼搏。2011年4月25日，中共中央政治局常委、国务院副总理李克强来到医院视察和调研医改工作，对医务人员积极投身医改的做法给予了充分肯定，对医务人员无私的奉献精神给予了高度评价，并做出重要指示，宣布友谊医院为全国及北京市的公立医院试点改革重点、试点单位。在推进和深化医疗体制改革的进程中，今天的友谊人将以更高的起点和崭新的精神风貌，团结协作，与时俱进，勇于担当，继续前行，以高超的医术和无私的爱心，努力攀登医学科学高峰，逐步向“综合优势明显，专科特色突出，国内优异、国际知名的大学医院”的目标迈进，开创北京友谊医院更加美好的未来，为首都医药卫生事业的发展做出新的更大贡献!