上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院(以下简称“九院”)，2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院(以下简称“九院”)。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附尾第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院(前身宝钢医院，属三级综合性医院)资源整合，南北院区，统一布局，统一管理，上海第三人民医院冠名为“上海交通大学医学院附属第九人民医院(北院)”，第二冠名为“上海交通大学医学院附属第三人民医院”。
九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院总部地处上海市中心城区黄浦区(制造局路639号)，北院三院地处上海北翼宝淞地区(漠河路280号)。同时，在本市浦东新区由由地区设有九院浦东分院(严镇路166号)、和高科口腔医疗美容门诊部(严桥路350)，徐汇区设有虹梅口腔医疗美容门诊部(虹梅路1310号)、静安区设有大沽口腔医疗美容门诊部(大沽路388号)。医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，也是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。九院总占地面积109亩(南部61亩、北部48亩)，总建筑面积21.2万平方米(南部14.7万平方米、北部三院6.5万平方米)．总核定床位数1650张(南部1000张、北部三院650张)，实际开放床位1819张(南部1019张、北部三院800张)。口腔综合椅位308张，临床科室38个，医技科室10个。全院职工近3973人。九院现拥有3位中国工程院院士；知名整复外科专家张涤生教授、口腔颉面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴魁戎教授，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定I临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。
“十二五”以来九院学科临床综合实力逐年提升。整复外科现为国际上规模较大的整形外科医学中心和国内较大的整形外科医教研中心。口腔颉面外科已达到国际先进水平，牙体牙髓病科、牙周病科、口腔粘膜病科、口腔修复科、口腔正畸科、儿童口腔科、口腔预防科、口腔种植科、口腔综合科等各类牙科诊疗达到国内先进水平，部分国际先进水平。骨关节外科和脊柱外科处于国内优势地位。眼整形眼眶外科、眼肿瘤治疗达到全国先进水平，辅助生殖中心年取卵周期过万，是全国辅助生殖中心中诊疗不孕症妇女平均年龄很高的辅助生殖中心。心血管介入治疗、钬激光前列腺剜除治疗、周围血管疾病治疗、疝与腹壁外科疾病诊治、病理性肥胖手术治疗、脑卒中介入治疗等方面，处于本市先进水平。现任临床医技科主任近60%为博士生导师。
2014年九院南部门急诊人次数297万人，年门诊手术人次数8.53万人改；年住院人次数5.81万人，年住院手术人次数4.68万人．平均住院日7.22天。九院北部门急诊人改数83万人，年住院人次数3万人，年住院手术人次数1.39万人。平均住院日8.45天。
截至2014年12月，硕士生导师158名，博士生导师“名，设有3个博士后流动站，19个博士点、28个硕士点。医院现有1个组织工程国家工程研究中心，1个数育部数字医学工程研究中心，上海市组织工程重点实验室、上海市口腔医学重点实验室和上海市骨科内植物重点实验室。拥有上海市整复外科研究所、上海市口腔医学研究所、上海市生物材料研究测试中心和上海交通大学医学院眼科视觉研究所。上海市科技功臣1人，上海市十六科技精英2人。有中国工程院院士3人，国家973科学家1人，国家杰出青年3人，长江特聘讲座教授4人，中组部“千人计划”1人、新世纪百千万工程人选3人、教育部跨世纪人才计划4人、人社部突出贡献中音年专家1人、卫生部突出贡献中青年专家4人、上海市领军人才10人，以及上海市科委学科带头人、启明星(后)、曙光计划、医学领军人才等市级以上人才培养计划100多人次。九院现为上海市住院医师规范化培训基地和专科医师培训基地。
九院是上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院数学基地，拥有27个教研室。医院以提高数学质量为核心，加强临床医学教育，积极推进教学改革。医学院先后获得国家精品课程3项、优异教学团队1个，双浯教学示范课程1项。大学生创新性实验项目11项。担任全国高等院校口腔医学专业本科规划教材主编6人次。获得全国高等医药院校优异教材奖3项，人民卫生出版社课件教学建设-医学大讲堂主讲名师1项，人民卫生出版社课件教材建设4项。口腔医学还获得上海市高水平特色建设项目、上海市本科教育高地第三和第四期建设项目、085工程项目和上海高校学科发展五年行动计划“高峰学科”建设资助。
截至2014年12月，硕士生导师158名，博士生导师88名，设有3个博士后流动站，19个博士点、28个硕士点。医院现有1个组织工程国家工程研究中心，1个数育部数字医学工程研究中心，上海市组织工程重点实验室、上海市口腔医学重点实验室和上海市骨科内植物重点实验室。拥有上海市整复外科研究所、上海市口腔医学研究所、上海市生物材料研究测试中心和上海交通大学医学院眼科视觉研究所。上海市科技功臣1人，上海市十六科技精英2人。有中国工程院院士3人，国家973科学家1人，国家杰出青年3人，长江特聘讲座教授4人，中组部“千人计划”1人、新世纪百千万工程人选3人、教育部跨世纪人才计划4人、人社部突出贡献中青年专家1人、卫生部突出贡献中青年专家4人、上海市领军人才10人，以及上海市科委学科带头人、启明星(后)、曙光计划、医学领军人才等市级以上人才培养计划100多人次。九院现为上海市住院医师规范化培训基地和专科医师培训基地。
九院是上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院数学基地，拥有27个教研室。医院以提高数学质量为核心，加强临床医学教育，积极推进教学改革。医学院先后获得国家精品课程3项、优异教学团队1个，双浯教学示范课程1项。大学生创新性实验项目11项。担任全国高等院校口腔医学专业本科规划教材主编6人次。获得全国高等医药院校优异教材奖3项，人民卫生出版社课件教学建设-医学大讲堂主讲名师1项，人民卫生出版社课件教材建设4项。口腔医学还获得上海市高水平特色建设项目、上海市本科教育高地第三和第四期建设项目、O85工程项目和上海高校学科发展五年行动计划“高峰学科”建设资助。
2007-2014年间，医院立项科研项目1000余项，科研总经费31996.49万元。其中国家自然科学基金344项(其中国家杰青3项，重点项目5项，重大研究计划培育项目1项、重大国际合作1项、科技部863项目1项)。获奖项3项(国家科技发明二等奖1项、国家科技进步二等奖2项)，省部级奖项44项(其中一等奖10项)，上海市卫生系统银蛇奖一等奖1项、上海市医学奖3项(其中一等奖1项)，发表SCI收录论文1057篇。中国科学技术信息研究所公布的“2014年度中国科技论文统计结果”中显示，2013年我院共发表SCI论文334篇，全国医疗机构排名第14位，其中表现不俗SCI论文88篇，全国排名第19位。
医院重视国际对外交流。2008年成功主办了第11届国际口腔癌(ICOOC)大会暨ICMFS第24届年会(与会国内外代表500余名)2009年成功主办了第19届国际口腔颉面外科会议暨第8次中国口腔颌面外科会议(参会国内注册代表1500余名、国外75个国家和地区1000余名)。
医院重视精神文明建设和医院文化建设，医院荣获全国医院(卫生)文化建设先进单位、全国城市医院思想政治工作先进集体，连续荣获上海市文明单位“十二连冠”以及上海市拥军优属先进单位等，并有多人荣获全国党建工作和市、局精神文明建设优异组织者荣誉称号。口腔颉面外科荣获全国总工会授予的“全国五一劳动奖状”、全国首届“工人先锋号”、上海市“工人先锋号”荣誉称号，口腔综合科荣获“全国音年文明号”，口腔病理科获“上海市五一巾帼奖”、上海市巾帼文明岗荣誉称号。
医院积极参与社会公益活动。 “希望之链’在楚雄——中法专家赴滇救治边远山区贫困患者”荣获2006年度市科教党委系统文明创建十佳项目； “白内障贫困患者免费实施复明手术”实事工程项目荣获“2007年上海市人民政府实事工程项目先进集体”称号：“微笑列车’让唇腭裂儿童绽放笑容”项目荣获上海市科教党委系统2007年度精神文明十佳好事提名奖，上海市医务工会2007年度文明十佳好事；2009年在日喀则地区开展进藏“情系藏区，点燃光明”医疗帮扶活动；2012年专家团赴大别山区金寨义诊，慰问老红军；2014年参与安徽凤阳大型义诊活动，同年与内蒙古自治区赤峰市林西县人民医政合作打造内蒙赤峰地区眼科治疗中心三年合作扶持计划启动。
九院还充分发挥公立医院在突发公共卫生事件防控和应急处置中的作用：2006年3月我院确诊了上海首例人感染高致病性禽流感病例；2008年“5·1了四川省汶川县特大地震灾害中，我院全力以赴派遣医疗队和收治灾区伤员，2013年雅安地震灾害中，我院圆满完成支援抗震救灾工作；2009年全球暴发甲型H1N1流感疫情，医院确诊1例甲型H1N1流感重症患者(治愈康复出院)；2010—2013年间落实市委市政府要求，分别派遣医疗队对口支援摩洛哥、新疆喀什地区第二人民医院、云南省样云县人民医院，以及支持中华口腔医学会“西部行”志愿者活动；2010年圆满完成了世博定点医院医疗保障任务；2011年全力救治“9.27”地铁10号线事故批量伤员；2014年作为“亚信峰会”医疗保障定点医院，接受并圆满完成外派任务。
医院加快基本建设，2007年总建筑面积41009平方米的口腔整复外科综合大楼改扩建项目投入使用；2008年内科病房大楼改建投入使用；2009年完成了院容院貌改造工程；2014年九院北部门急诊、医技、病房综合楼启用；2015年3月九院南部新门诊医技综合大楼启动使用。医院在不断完善HS、LIS、PACS等基本信息应用系统基础上，积极推进包括移动护理、床边医嘱等移动医疗建设。2014年在本市率先建成基于大数据信息集成平台的医院综合应用管理平台，推进数字化医院建设。同时，基于移动医疗的微服务平台建设，积极探索服务创新，2014年在本市率先实现专家、专病及普通门诊全部导源全预约开放。医院加强管理队伍建设，提高科学管理水平；完善制度建设，提高精细化管理水平；不断深化内部绩效管理，调动医务人员积极性；加强总务后勤管理，建设平安医院，绿色医院；节能减排，开源节流，确保国有资产保值增值，经济效益和社会效益稳步增长。2010年获得全国无烟医院单位。
医院坚持稳中求进，注重内涵发展，不断提升医疗服务和医学科技创新能力。一方面，持续改进医疗质量，保障医疗安全，改善就医环境，优化服务流程，加强行风建设，做好对外宣传和交流工作，提高医院精细化管理水平，推踺内部绩效考核和分配制度改革，充分调动医务人员积极性：另方面，加强学科建设和人才培养，进一步凝练学科发展方向，优化学科布局，提升学科人才和医学科技创新能力，增强医院综合竞争力。
九院人认真贯彻党的十八六以来中央一系列决策部署和习近平总书记系列重要讲话精神，按照市委、市政府要求，坚持公益办院，疑心聚力，锐意改革，攻坚克难，争取医、教、研、管理各项工作取得新突破、新进展和新成效，为确保上海市民健康水平继续前列全国、保持发达国家水平，为开创上海卫生工作新局面，也为把九院建设成为具有鲜明学科特色的、国际知名的现代化研究型教学医院而努力奋斗！
