吉林大学中日联谊医院是教育部“985”高校——吉林大学所属的、国家卫生和计划生育委员会管的集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型现代化综合性三级甲等医院。
医院前身是白求恩医科大学第三临床学院。成立于1949年11月，时为中国人民解放军“长春医科大学外科学院”。先后经历了中国人民解放军第三军医大学第三临床学院、中国人民解放军第一军医大学第三临床学院、吉林医科大学第三临床学院、白求恩医科大学第三临床学院时期。1993年7月，医院主体迁入位于长春市经济技术开发区的新址。新医院是由吉林省政府和长春市政府拨地、国家卫计委投资基建、日本政府无偿援助价值26亿日元先进设备而共同兴建的，为纪念中日两国人民及政府间的友谊，医院被命名为白求恩医科大学第三临床学院（中日联谊医院）。2000年6月，吉林大学、白求恩医科大学等5所高校合并组建新吉林大学，医院易名为“吉林大学中日联谊医院”。
建院60多年来，医院取得了长足的发展，已形成中心院区（位于仙台大街126号）、新民院区（位于新民大街829号）、南湖院区（位于南湖新村东街1028号）、开运院区（位于开运街1433号）、空港院区（位于长春市空港经济开发区）五位一体的格局，总占地面积68.38万平方米，建筑面积32万平方米。确立了外科系统、心脑血管疾病诊疗、微创治疗、肿瘤精准放射治疗在吉林省乃至东北地区的优势地位。医院现有员工3946人，在编人员2080人，聘用人员1866人。在编人员中医生889人，护士651人，技师130人。其中，主任医师202人，副主任医师205人，教授131人，副教授168人，博士研究生导师42人（含兼职导师3人），硕士研究生导师338人（含兼职导师80人）。
医院现有床位3328张，设有51个临床、医技科室。装备有3.0TMRI、宝石能谱CT、640层螺旋CT、Artis-Zeego机器人式平板血管造影系统、全数字化电子直线加速器、三维数字化C形臂X光机、实时三维心脏超声影像系统、全自动生化免疫流水线、流式细胞仪等先进诊疗设备千余台（套）。
医院是国家卫计委冠心病介入诊疗培训基地、心律失常介入诊疗（导管消融和植入器械）培训基地、外周血管介入诊疗培训基地，消化内镜培训中心、皮肤医疗美容示范基地。医院被国家卫计委、联合国儿童基金会、世界卫生组织评定为“爱婴医院”，是国家卫计委国际紧急救援中心网络医院，国家药物临床试验研究机构，是吉林省国家紧急救援培训鉴定中心、紧急救援定点医院。此外，吉林省和吉林大学的一些医疗、科研机构设置于此，如吉林省外科研究所、吉林省创伤骨科研究所、吉林省心血管病研究所、吉林省乳腺疾病研究所、吉林省生殖医学研究所、吉林省介入放射学研究所；吉林省肾脏移植与血液净化研究中心、吉林省医学影像工程技术研究中心；吉林省创伤骨科治疗中心、吉林省人工关节治疗中心、吉林省前列腺疾病防治中心；吉林省骨科医疗质量控制中心、吉林省风湿科医疗质量控制中心、吉林省消化内科医疗质量控制中心、吉林省医学影像科医疗质量控制中心、吉林省麻醉科医疗质量控制中心、吉林省临床输血科医疗质量控制中心；吉林省甲状腺疾病多学科诊疗中心；吉林大学前列腺疾病防治研究中心、吉林大学手外科疾病诊疗中心、吉林大学角膜移植中心、吉林大学乳腺甲状腺外科疾病诊疗中心、吉林大学肝胆胰外科疾病诊疗中心等。
医院神经病学是国家重点学科单位；骨科学、耳鼻咽喉-头颈外科学是国家卫计委重点建设学科；手外科、泌尿外科、医学影像科、风湿免疫科是国家临床重点专科；内科学、外科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、临床检验诊断学、影像医学与核医学是吉林省教育厅普通高等学校重点学科；骨科、消化内科、内分泌科、普通外科、康复医学科、泌尿外科是吉林省卫计委重点专科。医院中心研究室是国家中医药管理局分子生物学三级科研实验室。医院检验科是国家卫计委临床检验中心的临床基因扩增检验实验室。吉林省临床分子生物学重点实验室、吉林省风湿免疫重点实验室、吉林省心血管病重点实验室、吉林省消化系病重点实验室、吉林省创伤骨科重点实验室、吉林省人工关节外科重点实验室、吉林省泌尿系肿瘤重点实验室、吉林省整形外科重点实验室、吉林省耳鼻咽喉－头颈外科重点实验室、吉林省医学影像重点实验室设在医院，普外科为吉林省卫计委普外科重点实验室单元。医院主办的《中国实验诊断学》杂志是中国科技核心期刊。
医院同时作为临床教学医院——吉林大学临床医学院第三学院，设有19个教研室，承担着临床医学专业本科生、留学生教学任务。医院是临床医学专业博士、硕士学位试点单位，拥有博士学位授权专业16个，硕士学位授权专业34个，临床医学博士后科研流动站1个。医院重视学科建设及人才培养，坚持人有专长、科有特色、院有优势的发展方略，努力培养医德高尚、医术精湛的医学专家。医院积极与国际医学前沿接轨，加强对外交流与合作,并与国内外知名医学院校建立了友好合作关系。
医院以建设高水平研究型医院为发展目标，坚持医疗、教学、科研协调并举的发展理念，始终秉承“仁心良术”的医院精神，倡导“以人为本、精益求精、团结务实、创新图强”的院训，以优异的管理、优异的质量、优异的技术、优异的服务、优异的环境为人民的健康做出贡献。
