感染科是是集医、教、研为一体的临床科室。在国内率先实现感染、微生物检验和临床药剂师联合查房，成为我科突出的特色和创新点。感染科现有医生7人，主任医师1人，副主任医师2人，主治医师2人。学科带头人周云芳主任现任中华医学会儿科分会感染专委会委员，上海医学会儿科分会委员、儿科感染学组组长。本科室为硕士学位授予点，已培养硕士研究生4名。感染科临床部分包括感染性疾病专科和专家门诊、传染病门诊。感染科医师以专业指导的模式，为外院，以及院内各临床科室提供感染性疾病以及相关疾病方面的会诊，包括：抗生素合理应用、各种感染性疾病诊治等。全年因感染性疾病会诊和特殊类抗菌药物监测的病例8千余例次。其中，疑难、耐药菌感染诊治是本科的特色，已积累了丰富的临床经验并探索出一套完整的诊断思路和治疗方案。
上海儿童医学中心心内科建立于1974年，是国内较早的儿科三级学科之一，1999年4月从新华医院整体搬迁至上海儿童医学中心。经过30余年的艰苦创业，心内科已发展为集医、教、研一体的国内前列的小儿心脏病诊治中心，卫生部指定国内少有具有先天性心脏病介入治疗培训资质的儿童医院，新农合先天性心脏病定点诊治医院。同时也是国家211工程建设学科、国家教委及市教委重点学科儿科学的主要组成部分，2001年成为上海市批准的首批临床医学中心之一。
骨科主要从事0~18周岁儿童和青少年骨骼肌肉类疾病的临床医疗、教学和科研工作。经过多年的业务积累，上海儿童医学中心骨科已形成了髋关节疾患，足踝畸形矫形和重建，运动创伤，手足指（趾）畸形矫形和重建，肢体失衡矫治，神经肌肉性疾患矫治等6大亚专业，亚专业种类齐全，技术力量雄厚。治疗范围涉及发育性髋关节异常的早期诊断和早期治疗，各年龄段儿童髋关节疾患的个性化手术和康复治疗，新生儿马蹄内翻足的Ponseti方法矫治及以后各种残余或复发畸形的系统矫治，症状性扁平外翻足矫治，运动损的及关节镜微创治疗，神经肌肉性疾病的综合矫治，各类肢体不等长的恢复，儿童手足整形及功能重建等领域。在儿童骨骼损伤的治疗上开微创之先，骨折治疗技术与国际保持高度同步。长期的临床实践使儿童医学中心骨科具备丰富的治疗经验和特色，在多种疑难疾病的临床诊治方面取得了优异的治疗效果，深得广大病家和同行的广泛好评。
医生姓名：王志刚
综合评分：4700
医生资格：副主任医生
科室细分：骨科
医生姓名：徐蕴兰
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：骨科
医生姓名：李玉婵
综合评分：4700
医生资格：副主任医生
科室细分：骨科
医生姓名：蔡海青
综合评分：4700
医生资格：副主任医生
科室细分：骨科
泌尿外科是我院于2013年新近成立的临床科室，原属于普通外科领域的一个分支。科室的成立，标志着上海交通大学医学院附属的专科医院中开始建立独立的儿童泌尿生殖专业，这将极大地有助于专科疾病诊疗技术的提升。虽然，作为一个临床科室，泌尿外科还处于起步阶段。但是，其学科建设却贯穿了医院成立至今的整个发展过程。
上海儿童医学中心神经外科是国内较早独立创建小儿神经外科的儿童专科医院之一，在国内享有很高的声誉。目前核定床位32张，年手术量1000余例，专业医生6名。学科带头人鲍南教授是国内小儿神经外科的领军人物之一，曾任全国医师协会首届小儿神经外科分会副主委，在先天性神经管闭合不全的基础研究和临床诊断治疗、复杂脑积水的处理、狭颅症及脑肿瘤的手术等方面颇有造诣。
心胸外科为我国开展小儿先天性心脏病诊治的创始单位，国家“211工程”重点学科和上海市重点学科，设有小儿先心病临床医学诊疗中心，上海市小儿先天性心脏病研究所，先心病辅助循环和组织工程实验室，拥有病床105张，监护床位47张。科室1999年从新华医院整体搬迁而来，是我国小儿先心病诊治的医学、教学、科研中心，小儿先心病诊断与治疗、监护和护理的继续教学培训基地，2001年成为上海市首批临床医学中心之一。
上海儿童医学中心发育行为儿科直属上海交通大学医学院儿童保健研究中心，为上海市医学重点学科、上海市公共卫生重点学科，中华医学会儿科分会发育行为儿科学组组长单位。现有教授2名，副教授4名，博士生导师1名，硕士生导师3名，具有博士后学位1名，博士学位3名，硕士学位2名。特设儿童神经心理评估中心，对儿童的运动、语音和语言、心理、行为、注意力、睡眠等进行专业的评估，并将生物-心理-社会的模式应用于疾病的诊治中。近年来，基于临床和科研的有机结合，该学科已形成了多动症、孤独症、语言障碍、睡眠健康、精细运动等各具特色的亚专业，在注意缺陷多动症、孤独症等发育行为儿科疾病中率先进行了医教结合干预模式。同时团队在铅中毒、新生儿听力筛查和儿童睡眠健康项目中有效实现了科学研究向公共卫生政策的转化，获得了三项国家科技进步二等奖，同时得到了国际同行的高度认可。
医生姓名：章依雯
综合评分：5300
医生资格：主任医师
科室细分：儿童保健科
医生姓名：江帆
综合评分：4700
医生资格：副主任医生
科室细分：儿童保健科
医生姓名：李斐
综合评分：4700
医生资格：副主任医生
科室细分：儿童保健科
医生姓名：吴虹
综合评分：4700
医生资格：副主任医生
科室细分：儿童保健科
普通外科属于上海市重点学科，国家211工程，上海市临床医学中心所在专业。普通外科在儿外科专家陈其民主任医师领导下, 为国内儿童疑难杂症的诊治中心之一。现有主任医师1名，副主任医师4名，具有博士学位3名，在读博士研究生1名，硕士学位4名。
耳鼻咽喉科是专治小儿耳鼻咽喉疾病的专科,下设小儿耳鼻咽喉科及听力障碍诊治中心。对于传统的小儿耳鼻咽喉疾病，尤其是小儿OSAS即睡眠呼吸暂停低通气综合征及新生儿、婴幼儿及儿童听力障碍的诊治，有丰富的临床经验。 听力障碍诊治中心下设听力诊断中心、助听器验配中心、人工耳蜗植入中心、言语康复中心，是一个由多学科专业人员组成的团队。目前本中心是上海市卫生居指定的新生儿听力筛查确诊单位，接受上海市及周边地区的新生儿听力筛查阳性和听障患儿的诊断、干预、治疗，并长期随访监测。中心拥有完备的检查、手术和治疗设备，临床诊疗水平达到国内先进水平。
上海儿童医学中心血液/肿瘤科的前身是原上海第二医科大学附属新华医院儿童血液/肿瘤科，在国内较早建立儿童血液/肿瘤专业。在我国老一辈儿童血液/肿瘤专业的奠基人-谢竞雄、应大明、王耀平、顾龙君教授等的不懈追求和努力下，从上世纪七十年代在国内率先建立儿童血液科至今，已走过近四十年的发展历程。在国内开展了首例儿童异基因骨髓移植并获成功，开辟了我国儿童骨髓移植到先河；先期开展儿童白血病以个体因素为循证基础的临床分级治疗；首先将血液肿瘤以外的其它恶性实体瘤纳入儿童血液专业，扩展为儿童/肿瘤专业。九十年代即和美国前列儿童癌症专科医院—St Jude儿童研究院建立了良好的合作关系，并得到有效、长期的支持。逐步建设成为上海市医学前列学科、国家教委、国家211工程重点建设学科。2011年通过国际医疗卫生机构认证联合委员会（JCI）和国家药物临床试验机构（GCP）的认证。2013年4月被批准建设国家卫生部儿童血液肿瘤重点实验室。
上海儿童医学中心口腔科于1998年8月开诊，年均接待儿童患者3万人次，是治疗儿童牙病和口腔疾患的专科。本科医生专门从事小儿口腔疾病的诊治，具有丰富的临床经验。自开诊以来一直与美国HOPE基金会保持合作关系，医师轮流赴美培训，汲取国外的先进理念和技术。基金会不定期提供临床材料和设备，以保证硬件上与国际先进水平接轨。
上海儿童医学中心眼科是治疗儿童眼科疾病和指导儿童眼科保健的专科，目前拥有数名小儿眼科专业医师、验光配镜师，配置多种眼科检查治疗设备，如裂隙灯、电脑验光仪、综合验光仪、非接触眼压计、全自动视野计、双目间接检眼镜、同视机、弱视综合治疗仪、双眼视功能检测及综合训练软件等，可为患儿提供全面的眼病检查、诊断、治疗等医疗服务。
上海儿童医学中心皮肤科专门从事小儿皮肤疾病的诊治，具有丰富的临床经验。诊治的主要疾病包括婴儿湿疹（奶癣）、儿童湿疹、尿布皮炎、荨麻疹等过敏性疾病；水痘、手足口病、猩红热等小儿常见传染病；幼儿急疹、脓疱疹、念珠菌皮炎、足癣等感染性皮肤病及儿童血管瘤等。针对小儿皮肤特征自己配制外用药物，对常见的皮肤病如奶癣、红臀、痱子等疗效满意。
中医科是上海市儿童厌食症中医特色专科，对儿童厌食症、营养不良、贫血等的治疗积累了丰富的临床经验。同时对于小儿反复呼吸道感染、慢性咳嗽、哮喘、肺炎、过敏性鼻炎等呼吸系统疾病；便秘、消化性溃疡、腹泻、胆囊炎等消化系统；过敏性紫癜、肾炎、肾病综合征、遗尿等泌尿系统疾病；性早熟、青春期发育不良、痤疮、月经不调等内分泌疾病；抽动症、多动症、心肌炎、白血病；以及盗汗、地图舌、夏季热、口腔溃疡、夜啼、寄生虫等内科杂证均有丰富的临床经验。我科室综合采用内服中药、中成药和西药，并配合特色外治（小儿推拿、捏脊、中药外敷、耳穴敷贴），充分发挥中医和西医特长，优势互补，不但治病，而且能增强体质，预防疾病复发，具有扶正治本作用。 中医科现有3名专业中医师，均为硕士以上学历，其中1名主任医师、教授，1名主治医师。获得国家自然科学基金、国家中医药管理局、上海市科委等课题15项，出版著作10部，发表论文70余篇。
临床营养科在原新华医院临床营养科的基础上发展而来，具有十余年儿科临床营养支持的丰富经验，是全国儿童专科医院中较早成立的临床营养专科。2007年9月在雅培基金会和世界健康基金会的共同支持下，又成立了“上海儿童医学中心-雅培－世界健康基金会临床营养发展中心”（AFINS），期望为中国儿童提供更好的营养照护。2009年，我科入选卫生部“标准化临床营养科建设试点基地”，是少有入选的儿童专科医院。目前科室在编医师3位，其中副主任医师1名（博士，硕导，中华医学会肠外肠内营养学分会儿科学组委员，中华医学会小儿外科分会新生儿学组委员，上海医学会肠外肠内营养学分会委员，上海医学会小儿外科分会青年委员，美国肠内肠外营养协会（ASPEN）会员等）；主治医师1名（在读博士）；住院医师1名（博士）。营养师4名，专职技术员1名。
麻醉科手术室拥有净化层流设备的现代化手术室13间，DSA手术室2间，麻醉恢复室病床9张，具有精湛技术和丰富经验，能胜任小儿各科手术的麻醉，并形成以心血管麻醉、新生儿麻醉、脊柱手术麻醉、连体儿分离麻醉、亲体肝移植麻醉和小儿微创手术麻醉为专业特色。每年麻醉病例数已超过20000余例，常规开展B超引导下神经阻滞、小儿喉罩通气、BIS监测小儿麻醉深度、动脉和深静脉穿刺置管进行有创监测，围体外循环期凝血功能监测、心脏功能监测和小儿术后镇痛等技术，对低年龄、低体重婴幼儿麻醉具有丰富的临床经验。
